Magyarország az államalapítás óta kapcsolatban áll az Apostoli Szentszékkel. Az első hivatalos magyar küldöttséget a Szentszékhez Asztrik apát vezette, aki Szent István király számára koronát kért és kapott a pápától, ami a Magyar Királyság korabeli nemzetközi elismerését is jelentette.

A középkorban rendszeres követküldések jellemezték a kétoldalú kapcsolatokat, amelyek a XVI. századtól egészen 1918-ig az Osztrák-Magyar Monarchia keretein belül folytatódtak.

A függetlenné vált Magyarország 1920-ban vette fel a közvetlen diplomáciai kapcsolatokat a Szentszékkel, amikoris Rómában megalakult a Vatikáni Követség, Budapesten pedig az Apostoli Nunciatúra.

A diplomáciai kapcsolatok 1945-ben az akkori nuncius kiutasításával ténylegesen (de nem formálisan) megszakadtak. 1963-tól kezdődően rendszeres hivatalos kapcsolat létezett Magyarország és a Szentszék között.
A teljes érvényű diplomáciai kapcsolatok helyreállítására az 1990. február 9-én az Országházban aláírt megállapodással került sor. Budapesten létrejött az Apostoli Nunciatúra, Rómában pedig a Szentszéki Nagykövetség.